由于魏良辅翁婿二人皆精通北曲，因此，他们对南戏昆山腔的改革，首先是将原来采用昆山方言演唱，改为采用中州音来演唱，如魏良辅在《南词引正》中提出：“《中州韵》 词意高古，音韵精绝，诸词之纲领。”而在魏良辅之前，顾坚等文人创立的清唱昆山腔，已经采用了中州音来演唱，故魏良辅认为，在当时众多的唱腔（包括清唱和剧唱）中，“惟昆山为正声”，他要以这种“正声”来对剧唱昆山腔加以引正。也正因此，他把自己改革昆山腔的理论著作命名为 《南词引正》。“南词”，也就是 “南曲” 和“南戏”，如徐渭也把他的南戏论著命名为 《南词叙录》；而“引正”，就是要将南戏的演唱引导到顾坚创立的清唱昆山腔的演唱方法上来，即以中州音来演唱。因当时剧唱昆山腔采用昆山、苏州一带的方言土语演唱，故魏良辅提出要纠正方言土语，他在 《南词引正》 中列举了剧唱昆山腔演员常用的方言土语，说：“苏人多唇音，如冰、明、娉、清、亭之类。松人病齿音， 如知、之、至、使之类；又多撮口字，如朱、如、书、厨、徐、胥。”对于这种方言土音，应以中州音为标准语音加以纠正。

　　魏良辅对南戏昆山腔所做的第二个改革，就是改变了剧唱昆山腔的演唱方式，将原来是依腔传字的演唱方式，改为依字声定腔的演唱方式。如他在《南词引正》中指出：“五音以四声为主，但四声不得其宜，则五音废矣。”所谓“五音以四声为主”，也就是字的腔格（音乐旋律），即宫、商、角、徵、羽等五音，须依字的平、上、去、入四声而定。由于南戏艺人皆为底层百姓，文化修养低，不能辨别字声，这样就会影响曲字的腔格（音乐旋律），俗话说：字正才能腔圆；字不正，腔就唱不好。为此魏良辅特地指出：“平、上、去、入，务要端正。有上声字扭入平声，去声唱作入声，皆做腔之故。 ”

　　在改变演唱方式的同时，魏良辅还对昆山腔的演唱节奏加以改革，即放慢了演唱的速度，将一个字分成头、腹、尾三部分，与悠长的旋律相配合，徐徐吐出。

　　另外，由于剧唱不同于清唱，除了演员的演唱外，还讲究乐器伴奏，以取得较好的舞台效果，为此，魏良辅也对南戏昆山腔的伴奏乐器作了改进。而他的改进，也借鉴了北曲的伴奏乐器，将北曲伴奏乐器中的三弦、琵琶等弦乐器也用于剧唱昆山腔的伴奏。因此，明代沈宠绥认为，自魏良辅对剧唱昆山腔的改革始，剧场所用的伴奏乐器得以完备。

　　经过魏良辅的改革，剧唱昆山腔与清唱昆山腔一样，也具有了细腻婉转、舒缓悠长的风格，故有“水磨调”之称。自此而后，文人学士对剧唱昆山腔大加推崇，一改当年祝允明那样的不屑与指斥。大书法家文徵明因推崇魏良辅对剧唱昆山腔的改革，对他的 《南词引正》加以抄录；身为进士、翰林院编修的曹含斋则特为《南词引正》作叙，大加赞扬。剧唱昆山腔也因此得以像清唱昆山腔一样，在上流社会盛行。经过魏良辅改革后，剧唱昆山腔便取代海盐腔的地位，成为上流社会戏曲舞台上的主要唱腔。 明代顾起元 《客座赘语》说：“今又有昆山，较海盐又为清柔而婉折，一字之长，延至数息。士大夫禀心房之精，靡然从好，见海盐等腔已白日欲睡。 ”